Otto Ebert war der älteste Sohn des Arztes Dr. med. Heinrich Epstein (1847-1918) und dessen Ehefrau Sophie geb. Feigl (1858-1940). Sein Bruder Egon Hanus Epstein (geb. 1886) war Kapellmeister in Halle/Saale. Er überlebte mit seiner Frau Paula geb. Heinemann (geb. 1888) und der gemeinsamen Tochter Christa (geb. 1919) den Holocaust und kehrte nach Kriegsende wieder in seine Position am Landestheater Halle/Saale zurück. Seine Großeltern väterlicherseits waren der praktische Arzt Leopold Epstein (1814-1885) und Anna geb. Kohn. Die Großeltern mütterlicherseits waren David Feigl (1830-1909) und Anna geb. Kafka (geb. 1834). Ebert trat 1906 zum römisch-katholischen Glauben über. Gleichzeitig änderte er mit amtlicher Erlaubnis seinen Familiennamen. Er besaß die österreichische Staatsbürgerschaft.

Ebert heiratete am 17.10.1933 in Leipzig die Witwe Hedwig (Hedda) Meisenburg geb. Brückmann (geb. 1879). Sie hatte aus ihrer ersten Ehe zwei erwachsene Söhne, die in der SA dienten. Hedda Ebert lebte 1947 in Heilbronn.

Ebert besuchte von 1890 bis 1898 das deutsche Gymnasium in Prag. Nachdem er dort das Abitur abgelegt, hatte studierte er von 1899 bis 1905 in Prag und Wien Rechtswissenschaft, Geschichte und historische Hilfswissenschaften. Nach dem Abschluss seiner Studiums und erfolgreicher Promotion begann er 1906 seine Tätigkeit an der Universitätsbibliothek in Wien.  Hier war er zunächst Praktikant, ab 1909 Assistent. 1913 wurde er Bibliothekar und 1920 zum Oberbibliothekar ernannt. Nebenamtlich  engagierte er sich seit 1912 als Bibliothekar und seit 1914 als Leiter der Rektoratsbibliothek der Universität Wien.

Von 1915 bis zum Kriegsende diente Ebert in der Österreichisch-ungarischen Armee, zuletzt mit dem Rang eines Leutnants. Trotzdem blieb ihm nach 1933 die Anerkennung als Frontkämpfer versagt, weil er keine Teilnahme an Kampfhandlungen nachweisen konnte.

Am 17.03.1920 wechselte er auf der Basis eines Kooperationsabkommens an die Deutsche Bücherei in Leipzig. Ebert sollte nach einem Jahr wieder in seine alte Arbeitsstelle in Wien zurückkehren. Da die Deutsche Bücherei ihn aber hier halten wollte, erfolgte zum 01.01.1921 seine Ernennung zum stellvertretenden Direktor der Deutschen Bücherei.

Ebert war Mitherausgeber der Minerva-Zeitschrift und trat mit zahlreichen Veröffentlichungen hervor. Zur Vollendung seines 50. Lebensjahres wurde Ebert von seinen literarischen Freunden die Festschrift: Matrikel der Universität Leipzig: Wintersemester 1409/10 nach der Original-Matrikel im Archiv des Rektorats der Universität Leipzig gewidmet.

Im Sommer 1933 wurde er zunächst vom Dienst suspendiert und schließlich zum 01.04.1934 in den vorzeitigen Ruhestand versetzt. Als Ebert bei seiner kranken Mutter in Prag weilte, erlitt er einen Schlaganfall, den er nicht überlebte. Sein Leichnam wurde nach Leipzig überführt und die Einäscherung erfolgte am 06.09.1934 im Krematorium auf dem Leipziger Südfriedhof. Die Urne wurde aber nicht hier beigesetzt. Wo die Urnenbeisetzung erfolgte, konnte bislang nicht geklärt werden.

Die „Leipziger Neuesten Nachrichten“ und die „Neue Leipziger Zeitung“ veröffentlichten am 9. bzw. 10.08.1934 Nachrufe. Eine solche Würdigung blieb ihm aber im „Börsenblatt“ versagt.

Quellen und bibliographische Nachweise zur Person:                                                                                                                                                                                                                           E-Mails Ellen Bertram vom 29.01.2020, 26.03.2020 und 31.03.2020; Reichshandbuch 1931,  Band 1, S. 363 (Abb.); Stephan Wendehorst, Bausteine einer jüdischen Geschichte der Universität Leipzig, Leipzig 2006, S. 544/45, 550/53, 558/59.

Veröffentlichungen (Auswahl):
Aus der Werkstatt von Poeschel & Trepte. Ein Beitrag zur Bibliographie des deutschen Privatdrucks, in: Alere Flammam. Leipzig 1921
Hochschulkunde, Das Schrifttum des Jahres 1924, Leipzig 1925
Die Privatdrucke und ihre Pflege in der Deutschen Bücherei, in: Die Deutsche Bücherei nach dem ersten Jahrzehnt ihres Bestehens, Leipzig 1925
Buch- und Schriftwesen, in: Jahresberichte des Literarischen Zentralblattes, Jg. 2, 1925, Sp. 1-14
Die deutsche Bücherei und das Antiquariat, in: Aus Wissenschaft und Antiquariat. Festschrift zum 50jährigen Bestehen der Buchhandlung G. Fock, Leipzig 1929
Die Neugestaltung der allgemeinen deutschen Bibliographien, in: Zentralblatt für Bibliothekswesen. Jg. 48 (1931), S. 522-526
Hochschulkunde, in: Jahresberichte des Literarischen Zentralblattes, Jg. 7, 1930, Sp. 53-74